Si les années d’hypokhâgne et de khâgne préparent naturellement aux concours des grandes écoles, ils préparent également à une bonne intégration des cursus universitaires traditionnels, en bénéficiant pendant deux ans d’un cadre sécurisé, propice au bon apprentissage des méthodes universitaires.
A chaque semestre, le conseil de classe propose des crédits d’enseignement universitaires (ECTS): à l’issue d’une première année réussie, l’étudiant bénéficie des 60 ECTS correspondant à une première année d’enseignement universitaire (L1) validée dans une discipline parmi celles enseignées en hypokhâgne.
De même, au terme de la seconde année, il bénéficie dans les mêmes conditions des 120 ECTS lui permettant une inscription en L3. L’Université d’accueil valide ces propositions.
Le Lycée Malherbe possède une convention avec l’Université de Caen et Sorbonne Université. Cette convention nécessite une inscription en parallèle dans l’Université de rattachement (obligation légale pour toutes les classes préparatoires) et donne un statut d’étudiant et ses avantages aux élèves préparationnaires.